plomlompom.com Git - berlin-corona-table/blob - enhance_table.py

   1 #!//usr/bin/env python3
   2
   3 # District population numbers as per Wikipedia.
   4 district_pops = {
   5   'CW': 342332,
   6   'FK': 289762,
   7   'Li': 291452,
   8   'MH': 268548,
   9   'Mi': 384172,
  10   'Ne': 329691,
  11   'Pa': 407765,
  12   'Re': 265225,
  13   'Sp': 243977,
  14   'SZ': 308697,
  15   'TS': 351644,
  16   'TK': 271153,
  17   'sum': 3754418,
  18 }
  19
  20 # Map abbreviations to full names.
  21 translate = {
  22   'CW': 'Charlottenburg-Wilmersdorf',
  23   'FK': 'Friedrichshain-Kreuzberg',
  24   'Li': 'Lichtenberg',
  25   'MH': 'Marzahn-Hellersdorf',
  26   'Mi': 'Mitte',
  27   'Ne': 'Neukölln',
  28   'Pa': 'Pankow',
  29   'Re': 'Reinickendorf',
  30   'Sp': 'Spandau',
  31   'SZ': 'Steglitz-Zehlendorf',
  32   'TS': 'Tempelhof-Schöneberg',
  33   'TK': 'Treptow-Köpenick',
  34   'sum': 'all of Berlin',
  35   '+': 'new infections counted that day',
  36   'Σ': 'sum of new infections for last 7 days',
  37   'Ø': 'per-day average of new infections for last 7 days',
  38   'i': 'incidence (x per 100k inhabitants) of new infections for last 7 days',
  39 }
  40
  41 # Read infections table path and output type.
  42 import sys
  43 if len(sys.argv) != 3:
  44     print('Expecting infections table file path and output type as only arguments.')
  45     exit(1)
  46 infections_table = sys.argv[1]
  47 output_type = sys.argv[2]
  48
  49 # Read infections table file lines.
  50 f = open(infections_table, 'r')
  51 lines = f.readlines()
  52 f.close()
  53
  54 # Basic input validation.
  55 import datetime
  56 header_elements = lines[0].split()
  57 if set(header_elements) != district_pops.keys() or \
  58        len(header_elements) != len(district_pops.keys()):
  59     raise Exception('infections table: invalid header')
  60 line_count = 0
  61 for line in lines[1:]:
  62     line_count += 1
  63     fields = line.split()
  64     if len(header_elements) != len(fields) - 1:
  65         raise Exception('infections table: too many elements on line %s',
  66                         line_count)
  67     try:
  68         datetime.date.fromisoformat(fields[0])
  69     except ValueError:
  70         raise Exception('infections table: bad ISO date on line %s',
  71                         line_count)
  72     for field in fields[1:]:
  73         try:
  74             int(field)
  75         except ValueError:
  76             raise Exception('infections table: bad value on line %s',
  77                             line_count)
  78
  79 # Parse first table file line for the names and order of districts.
  80 db = {}
  81 sorted_districts = []
  82 for header in lines[0].split():
  83     sorted_districts += [header]
  84     db[header] = {}
  85
  86 # Seed DB with daily new infections data per district, per date.
  87 sorted_dates = []
  88 for line in lines[1:]:
  89     fields = line.split()
  90     date = fields[0]
  91     sorted_dates += [date]
  92     for i in range(len(sorted_districts)):
  93         district = sorted_districts[i]
  94         district_data = fields[i + 1]
  95         db[district][date] = {'new_infections': int(district_data)}
  96 sorted_dates.sort()
  97
  98 # Define and move sum_district from end to start.
  99 sum_district = sorted_districts.pop()
 100 sorted_districts.insert(0, sum_district)
 101
 102 # In LaGeSo's data, the last "district" is actually the sum of all districts /
 103 # the whole of Berlin.
 104 #
 105 # Fail on any day where the "sum" district's new infections are not the proper
 106 # sum of the individual districts new infections.  Yes, sometimes Lageso sends
 107 # data that is troubled in this way.  It will then have to be fixed manually in
 108 # the table file, since we should have a human look at what mistake was
 109 # probably made.
 110 for date in sorted_dates:
 111     day_sum = 0
 112     for district in [d for d in sorted_districts if not d==sum_district]:
 113         day_sum += db[district][date]['new_infections']
 114     if day_sum != db[sum_district][date]['new_infections']:
 115         raise Exception('Questionable district infection sum in %s' % date)
 116
 117 # Enhance DB with data about weekly sums, averages, incidences per day.  Ignore
 118 # days that have less than 6 predecessors (we can only know a weekly average if
 119 # we have a whole week of data).
 120 for i in range(len(sorted_dates)):
 121     if i < 6:
 122         continue
 123     date = sorted_dates[i]
 124     week_dates = []
 125     for j in range(7):
 126         week_dates += [sorted_dates[i - j]]
 127     for district in sorted_districts:
 128         district_pop = district_pops[district]
 129         week_sum = 0
 130         for week_date in week_dates:
 131             week_sum += db[district][week_date]['new_infections']
 132         db[district][date]['week_sum'] = week_sum
 133         db[district][date]['week_average'] = week_sum / 7
 134         db[district][date]['week_incidence'] = (week_sum / district_pop) * 100000
 135
 136 # Optimized for web browser viewing.
 137 if output_type == 'html':
 138     print("""<!DOCTYPE html>
 139 <html>
 140 <head>
 141 <style>
 142 th { text-align: left; vertical-align: bottom; }
 143 .day_row:nth-child(7n+3) > td { border-top: 1px solid black; }
 144 .vertical_header { writing-mode: vertical-rl; transform: rotate(180deg); font-weight: normal; }
 145 .fixed_head { position: sticky; top: 0; background-color: white; }
 146 .bold { font-weight: bold }
 147 </style>
 148 <title>Berlin's Corona infection numbers, development by districts</title>
 149 </head>
 150 <a href="/">home</a> · <a href="/contact.html">contact</a> · <a href="/privacy.html">privacy</a>
 151 <h1>Berlin's Corona infection numbers, development by districts</h1>
 152 <p>Updated daily at 9pm based on data from the "Senatsverwaltung für Gesundheit, Pflege und Gleichstellung". <a href="https://plomlompom.com/repos/?p=berlin-corona-table">Source code</a>. <a href="berlin_corona.txt">Text view optimized for terminal curl</a>.</p>
 153 <table>
 154 <tr>
 155 <th colspan=2></th>""")
 156     sorted_dates.reverse()
 157     for district in sorted_districts:
 158         # Wrap in div because the vertical orientation otherwise fails
 159         # in Chromium.
 160         print('<th><div class="vertical_header">%s</div></th>' %
 161               translate[district])
 162     print('</tr>')
 163     print('<tr class="fixed_head">')
 164     # In Chromium, the th only stay fixed if also given this class.
 165     print('<th class="fixed_head">date</th>')
 166     print('<th class="fixed_head"><a href="#symbols">?</a></th>')
 167     for district in sorted_districts:
 168         print('<th class="fixed_head"><abbr title="%s">%s</abbr></th>' %
 169               (translate[district], district))
 170     print('</tr>')
 171     for date in sorted_dates:
 172         print('<tr class="day_row">')
 173         print('<td>%s</td>' % date)
 174         print('<td><table>')
 175         for abbr in ['+', 'Σ', 'Ø', 'i']:
 176             print('<tr><th><abbr title="%s">%s</abbr></th></tr>' %
 177                   (translate[abbr], abbr))
 178         print('</table></td>')
 179         for district in sorted_districts:
 180             district_data = db[district][date]
 181             week_sum = week_avg = week_inc = '?'
 182             new_infections = district_data['new_infections']
 183             if 'week_sum' in district_data:
 184                 week_sum = '%s' % district_data['week_sum']
 185             if 'week_average' in district_data:
 186                 week_avg = '%.1f' % district_data['week_average']
 187             if 'week_incidence' in district_data:
 188                 week_inc = '%.1f' % district_data['week_incidence']
 189             print('<td>')
 190             print('<table>')
 191             print('<tr><td class="bold">%s</td></tr>' % new_infections)
 192             print('<tr><td>%s</td></tr>' % week_sum)
 193             print('<tr><td>%s</td></tr>' % week_avg)
 194             print('<tr><td>%s</td></tr>' % week_inc)
 195             print('</table>')
 196             print('</td>')
 197         print('</tr>')
 198     print('</table>')
 199     print('<h3 id="symbols">Symbols</h3>')
 200     print('<dl>')
 201     for abbr in ['+', 'Σ', 'Ø', 'i']:
 202         print('<dt>%s</dt><dd>%s</dd>' % (abbr, translate[abbr]))
 203     print('</dl>')
 204     print('</html>')
 205
 206 # Optimized for in-terminal curl.
 207 elif output_type == 'txt':
 208
 209     # Explain what this is.
 210     intro = \
 211 """Table of Berlin's Corona infection number development by districts.
 212 Updated daily at 9pm based on data from the "Senatsverwaltung für Gesundheit, Pflege und Gleichstellung".
 213
 214 Abbrevations/explanations:
 215 """
 216     for k in translate:
 217         if k == '+':  # not used in terminal version
 218             continue
 219         intro += "%s: %s\n" % (k, translate[k])
 220     intro += """
 221 Source code: https://plomlompom.com/repos/?p=berlin-corona-table
 222 HTML view: https://plomlompom.com/berlin_corona.html
 223 """
 224     print(intro)
 225
 226     # Output table of enhanced daily infection data, newest on top,
 227     # separated into 7-day units.
 228     sorted_dates.reverse()
 229     weekday_count = 0
 230     for date in sorted_dates:
 231
 232         # Week table header.
 233         if weekday_count == 0:
 234             print(' '*10, '  '.join(sorted_districts),
 235                   '   Σ', '    Ø', '   i')
 236             week_start_date = date
 237
 238         # Day data line.
 239         new_infections = []
 240         for district in sorted_districts:
 241             new_infections += [db[district][date]['new_infections']]
 242         week_sum = week_avg = week_inc = ''
 243         sum_district_data = db[sum_district][date]
 244         if 'week_sum' in sum_district_data:
 245             week_sum = '%4s' % sum_district_data['week_sum']
 246         if 'week_average' in sum_district_data:
 247             week_avg = '%5.1f' % sum_district_data['week_average']
 248         if 'week_incidence' in sum_district_data:
 249             week_inc = '%4.1f' % sum_district_data['week_incidence']
 250         print(date, ' '.join(['%3s' % infections
 251                               for infections in new_infections]),
 252               week_sum, week_avg, week_inc)
 253
 254         # Maintain 7-day cycle.
 255         weekday_count += 1
 256         if weekday_count != 7:
 257             continue
 258         weekday_count = 0
 259
 260         # After each 7 days, print summary for individual districts.
 261         weekly_sums = []
 262         weekly_avgs = []
 263         weekly_incs = []
 264         for district in sorted_districts[1:]:
 265             weekly_sums += [db[district][week_start_date]['week_sum']]
 266             weekly_avgs += [db[district][week_start_date]['week_average']]
 267             weekly_incs += [db[district][week_start_date]['week_incidence']]
 268         print()
 269         print('district stats for week from %s to %s:' % (date, week_start_date))
 270         print(' '*4, '    '.join(sorted_districts[1:]))
 271         print('Σ', ' '.join(['%5.1f' % wsum for wsum in weekly_sums]))
 272         print('Ø', ' '.join(['%5.1f' % wavg for wavg in weekly_avgs]))
 273         print('i', ' '.join(['%5.1f' % winc for winc in weekly_incs]))
 274         print()